Trong lịch sử, người Nhật đã biết dùng nấm làm thực phẩm từ thời tiền sử Jomon. Các nhà khoa học đã xác nhận điều đó qua di chỉ khảo cổ thời Jomon được phát hiện ở thành phố Kita-akita thuộc tỉnh Akita. Cách đây 18 năm, các nhà khảo cổ đã tìm thấy một số tai nấm hóa thạch. Họ tin rằng, người xưa đã dùng chúng làm phẩm vật dâng lên thần linh để cầu cuộc sống bình an.
Đến thời Nara, thế kỷ thứ 8, nấm được xem là tinh hoa của mùa thu, một loại thực phẩm quý và bổ dưỡng.
Vào thời Kamakura, thế kỷ 12, cùng với sự phát triển mạnh mẽ của Thiền tông tại Nhật Bản thì các món ăn chay cũng trở nên thịnh hành. Theo giới luật, các tăng lữ không được ăn thịt động vật, vì vậy bữa ăn của họ được chế biến hoàn toàn từ rau củ quả. Nấm được xem là nguồn dưỡng chất quan trọng trong các món chay. Nấm đông cô được sử dụng nhiều nhất, bởi lẽ chúng giàu chất dinh dưỡng mà lại rất phổ thông.
Đến thời Edo, thế kỷ 17, nấm được dùng rộng rãi trong dân chúng và trở thành thực phẩm quen thuộc hàng ngày. Giai đoạn này, nước Nhật thanh bình sau thời gian dài nội chiến, người dân bắt đầu nghĩ tới ăn ngon mặc đẹp. Đây cũng là thời kỳ hoàng kim của nền ẩm thực Nhật Bản. Các món ăn mới cùng với sách dạy nấu ăn lần lượt ra đời, trong đó có vô số món ăn được chế biến từ nấm matsutake, nấm đông cô và nấm sò hiratake. Ước tính có khoảng 9 loại nấm được dùng làm thực phẩm vào thời này. Để cung ứng cho nhu cầu ngày càng tăng của thị trường, nông dân bắt đầu trồng nấm đông cô khi số lượng nấm trong tự nhiên có giới hạn.
Nấm được xem là loại thực phẩm tinh hoa của mùa thu.
Thị trấn Iwaizumi thuộc tỉnh Iwate được bao bọc xung quanh là núi. Sản vật nổi tiếng của vùng đất này là nấm matsutake. Iwaizumi có 20 ngàn hecta rừng thông đỏ, là môi trường lý tưởng để nấm matsutake sinh trưởng. Tuy nhiên, so với cách đây nửa thế kỷ, lượng nấm matsutake thu hoạch tại thị trấn nhỏ này đã giảm rất mạnh. Không riêng Iwaizumi mà trên cả nước Nhật, nếu 50 năm trước, mỗi năm người ta thu hoạch 5 ngàn tấn nấm matsutake thì hiện nay con số này chỉ còn 100 tấn.
Năm 2003, chính quyền thị trấn Iwaizumi quyết tâm khôi phục số lượng nấm matsutake trong tự nhiên thông qua một kế hoạch chi tiết có sự tham gia của giới khoa học. Đứng đầu dự án là giáo sư Yoshimura Fumihiko. Ông Yoshimura từng có nhiều năm nghiên cứu về nấm matsutake tại trường Đại học Kyoto. Công việc đầu tiên mà ông Yoshimura và các thành viên trong nhóm phải làm là đi thực tế để tìm hiểu tại sao các rừng thông của địa phương lại không cho nhiều nấm như trước đây.
Ngày xưa, người dân thị trấn Iwaizumi sinh sống chủ yếu bằng nghề làm than từ gỗ của cây thông trong rừng. Sinh kế gắn liền với rừng thông nên họ ra sức chăm sóc cho chúng. Tuy nhiên, khi nước Nhật bước vào thời kỳ phát triển kinh tế thần tốc ở những năm 1970. Lực lượng lao động trẻ ở Iwaizumi đổ về thành thị kiếm sống. Nghề làm than dần mai một và các rừng thông cũng bị bỏ phế. Ông Yoshimura cho rằng, đây chính là nguyên nhân khiến nấm matsutake dần biến mất trong tự nhiên ở Iwaizumi.
Súp nấm
Qua những chuyến đi thực tế, nhà nghiên cứu về nấm này nhận thấy trong các khu rừng, lá thông và cành khô phủ dày trên mặt đất. Điều đó đã hạn chế nước mưa thấm sâu vào trong đất, hơn nữa, nhiệt độ bên dưới lớp lá mục lại rất cao không thuận lợi cho nấm phát triển. Đặc tính sinh trưởng của nấm matsutake là sống bám vào rễ cây thông trong điều kiện có đủ nước và nhiệt độ không quá cao. Khi đã xác định được nguyên nhân khiến sản lượng nấm suy giảm, ông Yoshimura tổ chức một số buổi trao đổi với các chủ rừng ở Iwaizumi. Ông giải thích với họ về đặc điểm sinh trưởng của nấm matsutake đồng thời thuyết phục họ tích cực chăm sóc rừng thông. Các chủ rừng đã đồng ý hợp tác, họ tỉa cành cây cho khu rừng thông thoáng và dọn những lớp lá khô dưới gốc thông. Ngay trong mùa nấm của năm 2003, thị trấn Iwaizumi thu hoạch được 6 tấn nấm matsutake.
Gần 10 năm sau, tức vào thời điểm hiện nay, sản lượng nấm hái được tại cách rừng thông ở Iwaizumi đã tăng gấp 3 lần. Những phương pháp giúp nâng cao sản lượng nấm matsutake trong tự nhiên của ông Yoshimura không chỉ mang lợi ích về cho thị trấn Iwaizumi mà cho cả ngành sản xuất nấm của Nhật Bản. Nhiều địa phương trên khắp cả nước đã bắt đầu ứng dụng chúng và đạt kết quả rất khả quan. Nấm matsutake đang hồi sinh mạnh mẽ trong các rừng thông bạt ngàn của xứ sở hoa anh đào.
Nấm hiratake được trồng từ phế phẩm trong sản xuất giá đỗ.
Từ mùa thu đến mùa đông, trên bàn ăn của người Nhật không thể thiếu món lẩu nấm hiratake. Nấm hiratake có nguồn gốc từ giá. Người ta đã tận dụng phế phẩm của giá để làm nấm. Giá chứa chất dinh dưỡng, giàu vitamin C và E, lại có tính mát nên được nhiều người ưa thích. Giá của tỉnh Fukushima được làm từ những hạt đậu xanh tuyển chọn nên chất lượng rất cao. Giá sau khi ủ công nghiệp, máy sẽ lọc bỏ phần vỏ đậu xanh. Phế phẩm này vẫn còn nhiều dưỡng chất, người ta tiếp tục dùng chúng để làm ra nấm hiratake.
Nỗ lực của con người cùng những thuận lợi về khí hậu, thổ nhưỡng đã giúp Nhật Bản trở thành một trong những quốc gia có nguồn nấm đa dạng nhất trên thế giới và người dân nước này được cho là những thực khách thưởng thức nhiều loại nấm nhất.