Trong những ngày đầu thực dân Pháp đánh chiếm thành Gia Định, nếu như chùa Sắc tứ Kim Chương dỡ được bộ sườn gỗ cùng nhiều hiện vật di tản về miền Tây thì Sắc tứ Khải Tường tự không có may mắn đó. Song đây là ngôi chùa của hoàng gia, dẫu “nước mất chùa tan” cũng phải giữ lại, dù chỉ là một cái tên.
Khoảng năm Mậu Thân (1788), chúa Nguyễn Phúc Ánh trở lại Gia Định có mượn nhà Tống Quốc công phu nhân (tức Tống Phúc Khuông phu nhân) để tạm trú. Theo lịch sử thì vào ngày 22 tháng 4 năm Tân Hợi (1791), Hoàng tử Nguyễn Phúc Đảm (tức vua Minh Mạng) đã chào đời tại đây.
Do đó, sau khi lên ngôi, nhà vua trăn trở: “Cố cung – chỗ sinh ra Hoàng khảo Thế tổ Cao hoàng đế ở tại xã Dương Xuân (Huế), nhưng vì do binh biến nên không còn di tích. Sau khi đất nước thanh bình, trẫm tìm hiểu không ra. Mỗi khi nghĩ đến thương cảm khôn nguôi”, rồi ra lệnh cho Bộ Lễ: “… Nhân đó nghĩ đến chỗ ta ở chỗ nhà cũ của Tổng quốc công phu nhân tại ngoại thành Gia Định, vậy sai quan địa phương tìm hỏi xem”.
Mãi đến năm Minh Mạng thứ 13 (1832) tỉnh thần Gia Định mới tìm được địa chỉ, vẽ bản đồ dâng lên. Vua dụ rằng “Lân Tân Lộc ở hai bên hữu thành Gia Định, lúc Hoàng Thái hậu theo hầu Thế tổ Cao Hoàng đế ta đi tuần ở phương nam – tức chạy loạn Tây Sơn – xa giá từng dừng ở đất này. Có điềm “cầu vồng sa xuống bến Hoa”. Nhờ đất quý phát điềm lành, cho nên phải xây dựng thắng tích lưu lại lâu dài cho đời sau”. Vua bèn lấy của kho 300 lạng bạc, giao cho quan địa phương, theo cách thức đã định của Bộ Công, gọi thợ xây dựng.
Vì kinh phí xây dựng hoàn toàn do quốc khố đài thọ nên công việc thổ mộc nhanh chóng hoàn tất và ngôi chùa được danh hiệu chính thức là Quốc Ân Khải Tường tự. Vua Minh Mạng lại chọn một cao tăng lúc bấy giờ là Tế Tín hiệu Chánh Trực hòa thượng làm trụ trì (đệ tử của hòa thượng Liên Hoa trụ trì Sắc tứ Từ Ân tự) và 18 tăng chúng lo quét dọn, kinh kệ hằng ngày. Vua lại cấp cho hòa thượng Chánh Trực 20 mẫu ruộng miễn thuế để chư tăng tự canh tác, lấy huê lợi thực hiện phật sự vua giao.
Đến khoảng năm Quí Mão (1843) tức năm Thiệu Trị thứ ba thì Giáo thọ Như Quang vận động các vị hoàng thân quốc thích, đồng bào phật tử ủng hộ chỉnh trang quy mô tráng lệ hơn. Nhưng rồi cũng chỉ được mấy mươi năm thì quân viễn chinh Pháp xua quân xâm lược. Vua Tự Đức cử Khâm sai đại thần Nguyễn Tri Phương đắp đồn Chí Hòa (tài liệu Pháp ghi là Kỳ Hòa) kháng cự. Giặc cũng chiếm một số chùa chiền đền miếu của ta ở ngoại thành để làm “phòng tuyến các chùa”, trong đó có nhiều ngôi chùa nổi tiếng như Sắc tứ Từ Ân, Quốc Ân Khải Tường, Sắc tứ Kim Chương.
Trong đó, Sắc tứ Từ Ân tự may mắn hơn vì không ở ngay tầm súng đạn nên chuyển được khá nhiều tượng thờ, hoành phi, câu đối vào Cầu Tre để xây dựng lại. Sắc tứ Kim Chương thì cũng kịp dỡ bộ giàn trò và nhiều hiện vật tản cư về miền Tây rồi “thay tên đổi họ”. Còn Quốc Ân Khải Tường tự vì ở sát thành Gia Định, bị giặc chiếm làm đồn lũy.
Đêm 7/12/1860, nghĩa quân của Trương Định ở Gò Công kéo lên phục kích giết chết tên đại úy trưởng đồn tên là Barbé ở gần đó nên giặc đặt tên là đồn Barbé. Cũng trong giai đoạn này, vua Tự Đức có đặt một tấm bia đá ghi công đức của Phạm Quốc công (Phạm Đăng Hưng) định chở về Gò Công dựng, nhưng đến Vũng Tàu thì giặc Pháp phát hiện tịch thu. Chúng đục xóa toàn bộ chữ trên bia rồi khắc tên đại úy Barbé làm mộ bia cho hắn ở khu đất Thánh Tây. Tấm bia này hiện đã được đem về lăng Hoàng gia ở Gò Công.
Năm 1869, đồn Barbé tức khung sườn chùa Khải Tường bị phá hủy để xây dựng các công trình của chế độ thuộc địa. Hiện vật quý nhất của Quốc Ân Khải Tường tự là pho tượng Phật của vua Minh Mạng từ đây lưu lạc “Phật trên bàn còn vương tám nạn”. Pho tượng bị chính quyền thực dân tịch thu giao cho Hội Cổ học Ấn – Hoa. Địa chỉ dời đổi nhiều lần rồi lại giao cho bảo tàng, trở thành tài sản quốc gia.
Theo quyển Ngũ gia tông phái ký của hòa thượng Hải Tịnh (bản khắc năm 1875) thì lúc Tây chiếm thành Gia Định, hòa thượng Tế Tín Chánh Trực đang lánh nạn tại Sắc tứ Từ Ân và đang bệnh nặng. Biết không thoát khỏi nên vào ngày 20 tháng 7 năm Giáp Thìn (1864), hòa thượng cho triệu tập tăng chúng hai chùa và ủy thác Quốc Ân Khải Tường tự cho hòa thượng Tiên Giác – Hải Tịnh, đồng thời cũng ủy thác cho pháp sư Trí Thông (chùa Từ Ân) làm phó trụ trì, Giám quản Quốc Ân Khải Tường tự. Rồi đại lão hòa thượng viên tịch, nước mất nhà tan, tổ ấn bị chôn vùi, sự ủy thác chỉ còn là danh nghĩa.
Theo dòng người di tản, một số đệ tử ngài cầu pháp với tổ đình Sắc tứ Kim Chương, trong số này có Hòa thượng Chơn Thành, pháp danh Thanh Đặng (1847-1919) đời thứ 41 phái Lâm tế. Lúc mất chùa có lẽ ngài còn là một tiểu tăng. Không mang theo được những di vật của Quốc Ân Khải Tường tự, khoảng năm 1862, ngài về tới đình Hội Thọ rồi sau đó dựng chùa Khải Tường ở Cái Thia (ấp Mỹ Phú, xã Mỹ Đức Đông, H.Cái Bè, Tiền Giang hiện nay) để hoài niệm. Chùa mới, Phật mới, chỉ có cái tên còn lưu giữ, nhưng chẳng được an cư. Năm 1947, Tây đánh vô chợ Cái Thia, chùa Khải Tường phải một lần nữa dời vô vàm rạch Ông Lữ để lánh nạn.
Nằm khiêm nhường bên bờ rạch Ông Lữ, chùa Khải Tường ít người biết đến, ngay cả trong sách Phật giáo Tiền Giang lược sử những ngôi chùa được xuất bản gần đây thống kê 56 tự viện ở Cái Bè cũng không có tên Khải Tường tự. Nhưng có lẽ dòng chảy văn hóa tiếp tục không hề đứt đoạn. Tháng 9/2011, chùa Quốc Ân Khải Tường được phục dựng tại số 18 Đất Mới, xã Long Phước, H.Long Thành, Đồng Nai. Lịch sử ngôi chùa được nhắc lại song cũng còn nhiều điều chưa minh bạch.
